เดิมเทศบาลตำบลบึงกาฬ อำเภอเมืองบึงกาฬ จังหวัดบึงกาฬ จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติ เปลี่ยนแปลงฐานะของสุขาภิบาลเป็นเทศบาล พ.ศ.2542 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ประกาศ ในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 116 ตอนที่ 9 ก ลงวันที่ 24 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 มีพื้นที่ครอบคลุมบางส่วนของตำบลบึงกาฬ และตำบลวิศิษฐ์ กล่าวคือหมู่ 1,2,3 ของตำบลบึงกาฬ และหมู่ 1,7 ของตำบลวิศิษฐ์ ตั้งอยู่ริมฝั่งแม่น้ำโขง ตรงข้ามกับเมืองปากซัน แขวงบลิคำไชย ประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว เป็นพื้นที่ราบ เป็นศูนย์รวมการคมนาคมการพาณิชย์

ปัจจุบัน เทศบาลเมืองบึงกาฬ จัดตั้งขึ้นตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเรื่องยุบเลิกเทศบาลตำบลวิศิษฐ์ รวมองค์การบริหารส่วนตำบลบึงกาฬ กับเทศบาลตำบลบึงกาฬ อำเภอเมืองบึงกาฬ จังหวัดบึงกาฬ และเปลี่ยนแปลงเขตและฐานะเป็นเทศบาลเมืองบึงกาฬ ประกาศ ณ วันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2563 มีผลบังคับใช้ในวันที่ประกาศราชกิจจานุเบกษา ซึ่งได้ลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 137 ตอนพิเศษ 179 ง วันที่ 5 สิงหาคม 2563